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公益性事业单位主要分为两类，一类是公益一类事业单位，一类是公益二类事业单位。其中，公益一类事业单位指的是公共卫生、义务教育及基本医疗服务类的单位，这类单位为社会提供基本公益服务，不受市场资源配置的影响。比如公立中小学、公立医院、省图书馆等，都属于公益一类事业单位；而公益二类事业单位一般的承担高等教育及一些非营利性的医疗卫生服务的事业单位，比如说各大高校就是公益二类事业单位的代表。
一、分类不同
1、公益一类承担的是基础医疗卫生、教育、科研等公益服务职能，不宜或者不能由社会服务代替，也不能由市场配置资源。公益一类事业单位基本上全部是全额拨款的事业单位，唯一的例外就是乡镇卫生院。
2、公益二类是政府资助一部分提供保障，也可以通过市场进行资源配置，如公立医院等。公益一类、二类具体由各地结合实际研究确定。
二、服务范围不同
1、公益一类包括承担义务教育、基础性科研、公共文化、公共卫生及基层的基本医疗服务等基本公益服务，不能或不宜由市场配置资源的单位或机构。
2、公益二类包括应具备以下条件的一类事业单位：面向社会提供公益服务，按照政府确定的公益服务价格收取费用，其资源在一定区域或程度上可通过市场配置。如普通高等教育机构、非营利医疗机构等。
三、经营限制不同
1、公益一类的事业单位不得开展经营活动。对这类事业单位的机构编制要从严控制，并加强监督和管理，使其不断提高服务质量和社会效益。
2、公益二类的事业单位根据国家确定的公益目标，自主开展相关业务活动，并依法取得服务收入，其服务价格执行政府定价或政府指导价。在完成规定任务的基础上，可依法开展相关的经营活动。
事业单位公益一类和二类的区别如下：
1、社会功能不同：公益一类，即从事关系国家安全、公共安全、公共教育、公共文化、公共卫生、经济社会秩序和公民基本社会利的公益服务，不能或不宜由市场配置资源的事业单位。公益二类，即面向全社会提供涉及人民群众普遍需求和经济社会发展需要的公益服务，可部分实现由市场配置资源的事业单位；
2、拨款方式不同：全额拨款事业单位也称为全供事业单位，也就是全额预算管理的事业单位，是其所需的事业经费全部由国家预算拨款的一种管理形式。差额拨款事业单位，按差额比例，财政承担部分，由财政列入预算；单位承担部分，由单位在税前列支，如医院等；
3、从事公益服务的事业单位。即为社会提供公益服务或者为政府行使职能提供支持保障的事业单位，国家保证经费，不再从事经营活动。自主事业单位是指有稳定的经常性收入，可以抵补本单位的经常性支出的单位。
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法律依据：
《中华人民共和国公益事业捐赠法》第三条
本法所称公益事业是指非营利的下列事项：
(一)救助灾害、救济贫困、扶助残疾人等困难的社会群体和个人的活动；
(二)教育、科学、文化、卫生、体育事业；
(三)环境保护、社会公共设施建设；
(四)促进社会发展和进步的其他社会公共和福利事业。
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